O primeiro núcleo de povoamento em território do atual município de Coari foi uma aldeia de índios, fundada em princípios do século XVIII pelo jesuíta alemão Samuel Fritz, com a denominação de Coari, por ficar à margem do lago desse nome.

Coari, segundo o cônego Ulysses Pennafort, vem das palavras indígenas "Coaya Cory", ou 'Huary-yu", que significam, respectivamente, "rio do ouro" e "rio dos deuses".

A denominação dada ao rio que banha o município estendeu-se ao lago em cuja margem fica a sede municipal e, posteriormente ao município.

Habitavam primitivamente a região os índios Catauixis, Irijus, Jumas, Jurimauas e outros.

Formação istrativa 6oo3f

Em 1759 a aldeia foi elevada à lugar, recebendo o nome de Alvelos.

Em 1833, foi o Lugar Alvelos elevado à freguesia, sob a invocação de Nossa Senhora Santana.

Em 30.09.1854 a sede da freguesia foi transferida em virtude da Lei n.º 37, para a foz do lago de Coari.

Em 01.05.1874, pela Lei Provincial n.º 287, a freguesia foi elevada à vila de Coari.

Em 21.05.1874, pela Lei Provincial n.º 287, é criado o município de Coari.

Em 15.11.1890 é instalado o termo judiciário de Coari.

Em 10.04.1891, pelo Decreto n.º 95-A, é criada a comarca de Coari, que se instala em 30.06.1891.

Em 30.10.1913, pela Lei Estadual n.º 741, é suprimida a comarca de Coari, ficando seu Termo Judiciário subordinado a Tefé
Em 14.02.1916, pela Lei Estadual n.º 844, é reinstalada a comarca de Coari, ficando seu Termo Judiciário subordinado a Tefé
Em 07.02.1922, pela Lei Estadual n.º 133, é suprimida novamente a comarca.

Em 10.03.1924, pela Lei Estadual n.º 122, restaura-se definitivamente a comarca de Coari, compreendendo os Termos de Coari, Manacapuru e Codajás
Em 02.08.1932, pela Lei Estadual n.º 1.665, Coari é elevada à categoria de cidade.

Coari, segundo o cônego, Ulysses Pennafort, vem das palavras indígenas Coaya Cory, ou Huary-yu, ou significa respectivamente rio do ouro e rio dos deuses. A denominação dada ao rio que banha o município estendeu-se ao lago em cuja margem fica a sede municipal e, posteriormente, ao município.

Freguesia criada com a denominação Nossa Senhora de Santana, em 1833.

A Lei n.º 37, de 30-09-1854, determinou a transferência da matriz da freguesia de Alvelos para perto da Foz do Lago de Coari.

Pela Lei n.º 92, de 06-11-1858, é considerada freguesia e como tal reconhecida para os efeitos civis e eclesiásticos.

Os limites da freguesia de Coari foram determinados pela Lei n.º 132, de 29-06-1865.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Coari, pela Lei Provincial n.º 287, de 01-05-1874, sendo desmembrada do município de Tefé. Instalada em 02-12-1874.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911 a vila é constituída do distrito sede.

Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920 a vila aprece constituída de 5 distritos: Coari, Camará, Barro Alto, Copiá e Peorini.

Elevado à condição de cidade com a denominação de Coari pelo Ato n.º 1.665, de 02-08-1932.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1933 o município aparece constituído do distrito sede.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município permanece constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.